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拿到顯微鏡之后，別著急使用，先把工作臺擦干凈，將要觀察的標本和各種器具準備好。顯微鏡從鏡箱取出，取出的時候記住一只手握住鏡臂，另外一只手托底座將其輕放；距離工作臺邊緣8到10厘米左右，偏左一點的位置。顯微鏡對光，先安上合適的目鏡，將10倍、40倍、100倍物鏡按照順時針安在物鏡轉換器上，逆時針轉動轉換對準載物臺中央的通光孔。從目鏡中觀察，調節反光鏡或接通電源，直至視場明亮。
調節可變光闌，聚光鏡的鏡口率與物鏡的鏡口率保持一致，才能充分發揮舞靜的分辨率，顯微鏡調整到工作狀態后，從目鏡筒中拔出目鏡，一邊觀察，一邊縮小光闌，這時可看到縮小的光闌被物鏡成的像，然后逐漸調大光闌，當光闌像的邊緣與物鏡通光孔黑圈的邊緣一致時停止，這時的聚光鏡鏡口率與物鏡鏡口率就一致了。
標本放置在載物臺上，使標本對準通光孔正中，下降鏡筒或升高載物臺，使物鏡下端和標本逐漸接近，但不能碰到蓋玻片。從目鏡觀察，用粗準焦螺旋慢慢升起鏡筒，下降載物臺，再調節細準焦螺旋至物像清晰。
顯微鏡低倍鏡觀察下，找到要進一步觀察的部位，移至視野中心，再上升聚光鏡、逆時針轉動物鏡轉換器換上高倍鏡。顯微鏡高倍鏡觀察下看到標本后，把需要進一步放大的部位移至視野中心。上升鏡筒或下降載物臺約1.5厘米。將物鏡轉離光軸，在蓋玻片所要觀察的部位上滴一滴香柏油，把光闌升至最大。換上油鏡，小心調節粗準焦螺旋，使油鏡慢慢下降或慢慢上升載物臺，從側面觀察油鏡下端與標本之間的距離，當油鏡的下端開始觸及油滴時即可停止。調節細準焦螺旋，直至看清標本物像。顯微鏡使用完畢之后，上升鏡筒、下降載物臺，將油鏡轉離光軸，用干的擦鏡紙輕輕地吸掉油鏡和蓋玻片上的油，如果覺得不干凈的話，可用浸濕二甲苯的擦鏡紙擦拭。
